芝加哥大学的校训译成中文是“益智厚生”，意思是“提升知识，以充实人生”（拉丁文原文：Crescat scientia vita excolatur；英译：Let knowledge grow from more to more; and so be human life enriched）。

与哈佛、耶鲁等大学相比，芝加哥大学只能算作一所年轻的大学。但是，由于芝加哥大学以开放的精神，兼收并蓄地包容了洪堡与纽曼两种大学理念，并结合美国社会的现实，建构了独特而卓越的组织理念、研究理念和教学理念，使其在较短的时间成为美国，乃至世界一流大学，并被誉为“第一所美式大学”。

芝大对教育观念的“宏观”与实验精神，奠定了它在美国教育史上的重要地位。而它在学术研究上的地位与贡献，也同样值得称道。芝大学者在不同学科发挥着重要作用，在其各自领域创立了赫赫有名的“芝加哥学派”，其中包括：芝加哥经济学派，芝加哥社会学派，法律经济学，芝加哥学派的文学批评，芝加哥建筑学派以及芝加哥气象学派，此外，芝大政治学被称为行为主义学派。芝大在人类学、天文学、地球科学、经济学、地理学、历史学、语言学、数学、物理学、统计学、法学、商学、社会学、神学等学科专业在美国具有较强的学术实力。

芝大首创季制，一学年分为四季，全年无休的课程制度，让学生可以自由的安排学习时间，每分每秒都不被浪费。夏季（六月至八月），秋季（九月至十二月），冬季（一月至三月），春季（四月至六月）。全日制本科学生的课程需要三到四个季度学术休息约11周之前每季度。学年通常在九月下旬开始，并在6月中旬结束。

芝大是美国入学竞争最激烈的大学之一，2014年本科录取率为8.6%。芝大有一个非常著名的本科核心基础课程，对于刚进入大学的新鲜人，在大一大二时必须修毕校方所指定的所有核心课程学分。在2012-2013年，芝大的核心课程每门课堂仅限17名学生，由一名全职教授（而非助教）授课。譬如在2009-2010学年，芝大要求本科生修满15门核心课程，熟练掌握一门外语，通过游泳测试，以及最多三门体育课（根据入学情况）。在修完指定的核心课程学分后，学生在大三大四可以依自己的兴趣与期望，专攻校方所提供的50个领域的专业课程。学生在毕业时所获得的文凭，是在大三结束时才决定专业。芝大的本科课程以苛刻的标准、繁重的学业压力而著称，但芝大也正因此才提供了最能令人信服和终身受益的学习经历。

芝加哥大学是美国最富声誉的大学之一，在《美国新闻与世界报道》2017年的全美大学排名中，名列全美大学第三。QS世界大学排名2013年世界大学的排名中，名列第八。在2009年泰晤士报高等教育特刊世界大学的排名中，芝大被排在第七位。同年，在上海交通大学公布的世界大学学术排名中名列第九。

芝加哥大学的前身是由美国浸信会建立的老芝加哥大学。该校在1886年由于财政问题而倒闭。1890年，在石油大王约翰·戴维森·洛克斐勒的慷慨捐助后，该校在20世纪初成为世界级的一流私立大学。这次捐款也被洛克菲勒本人称为“最明智的一次投资”。1891年7月1日，威廉·哈珀成为该校首任校长。1892年10月1日，芝加哥大学正式开课。芝加哥大学最初建立的学院有：商学院（1898年），法学院(1902年）和东方研究所等。

在芝加哥大学第五任校长罗伯特·哈群斯在任的24年里，芝加哥大学经历了许多重大变革。哈群斯提出的教育宗旨在防止学术课程和职业课程过分专门化的“芝加哥计划”，对其他美国大学的本科教育计划产生了巨大影响。哈群斯建立了沿用至今的本科生核心课程计划（Common Core），并将研究学院重组为现在的四个学部。在他的带领下，芝大渡过了大萧条。1933年，哈群斯试图推动芝大与西北大学的合并计划，但以失败告终。

二战期间，芝大在曼哈顿计划中扮演了重要角色。这一时期，大量物理学家聚集芝大，奠定了芝大在自然科学界的地位。费密（Enrico Fermi 1901-1954）及其助手们于1942年12月2日在芝加哥大学建成世界上第一座可控原子核裂变链式反应堆，使它达到临界状态，产生可控的核裂变链式反应。这一成就是原子能时代的一个重要里程碑，为两年后的原子弹诞生奠定了基础，芝加哥大学也因此被称为“原子能诞生地”。Albert Abraham Michelson(1907年诺贝尔物理奖得主）首先进行光速的测量，并发展了同位素年代测定法。

20世纪60年代，随着美国反战运动以及女权主义的兴起，芝大校园内的学生运动进入高潮。1962年，学生占领校长办公室以抗议学校租赁政策。1969年，为抗议学校开除左翼文人马琳·迪克森，400名学生占领行政大楼达两周之久。

自1969年诺贝尔经济学颁奖以来，截止到2011年，共有25名经济学奖获奖者与这所学校有关。美联社说，这所大学之所以经济学人才辈出，是因为它能吸引并留住已有或未来的经济学明星。这里的经济学者敢于大胆挑战当前流行的经济学理论，学校也鼓励学者独立创新。

1999年，时任校长的雨果·索嫩沙伊恩将本科必修的21门核心课程减为15门。该事件引发了全美国对于高等教育的关注。
进入21世纪，芝加哥大学启动了数个耗资百万美元的扩建计划。 2008年，大卫·G·布斯向芝加哥商学院一次性捐助3亿美元，这是迄今为止芝加哥大学得到的最大一笔捐款，也是有史以来任何一所商学院得到的最大捐款。

2009年以来，一项耗资二十亿美元的计划使芝大校园进一步扩展，其中包括Palevsky南校区宿舍楼，杰拉尔德拉特纳田径中心，一所新医院以及一座新的科学大楼即将揭幕。2011年以来，重大建设项目包括一座十层的医学研究中心，儒勒·格温纳普生物医学发现中心，其进一步增强了芝加哥大学医学中心。